a. 加工贸易的审批
                                                   保税区内          保税区外                  审批环节          只需海关一家审批          需外经贸主管部门                  资格认定          保税区管委会审批企业加工产品范围，并在企业申请注册时、颁发工商营业执照前完成。区内加工企业无须申领《加工贸易业务批准证》。          在企业取得工商营业执照并在建成投产后予以受理，企业申请时须提供10份证明文件和材料，外经贸审批后颁发《加工贸易业务批准证》。                  生产能力认定          无须办理手续          外经贸委签发《加工贸易加工企业生产能力证明》文件，有效期为一年。                  加工贸易
合同审批          到保税区海关办理进区备案手续，允许按总合同总体核销。           外经贸委根据企业上报的材料填制《进口料件申请备案清单》和《出口制成品及对应进口料件消耗备案清单》，并加盖加工贸易业务审批专用章，对每笔合同逐一审批。
到主管海关办理进口料件备案手续，按单一合同核销。                             料件单耗审批          封闭区域内，管理相对宽松。           外经贸委严格照单耗标准审批，必要时征求生产行业主管部门和主管海关的意见。
主管海关严格按单耗标准进行核销。                  合同金额审批          不作规定           500万美元金额以上合同须上报上级外经贸委和上级海关批审。         
b. 加工贸易环境 
                                                   保税区内          保税区外                  商品分类          除极少数特殊商品外，不受进口料件类别的限制。          加工贸易商品分为禁止类、限制类、允许类。对进口限制类料件， 除A类企业外，             其他企业实行保证金"实转"。                  企业分类          视同A类企业对加工周期长、流动资金周转快、进口料件价值高的加工企业尤为有利。          将企业分为A、B、C、D四类企业，分类企业名单实行动态管理，适时调整。对A类企业要求严格，已注册并开展加工贸易满2年，             且达到七项标准和条件的企业才有资格申请A类企业。                  加工限期变更          加工手册有效期到期，料件未用完，只需经保税区海关一家批准即可以转入下一本新的手册，或者把料件和产品转为保税货物储存在保税区仓库，             海关予以核销。          须按《加工贸易业务批准证》规定的期限加工返销并办理核销手续。如确需延长加工期限，须在规定的制成品返销期限内先报外经贸委审批，海关再凭批件办理延期手续。延期一般不超过6个月。                  转厂深加工复出口管理          凭调入地海关出具的《加工贸易异地加工证明书》（关封）完成双方的结转。          严格转厂深加工管理
⑴须按商品分类管理的规定报外经贸委批准。⑵海关凭批准文件办理结转手续。对不具备使用"关封"或"计算机联网"条件的企业，             海关收取保证金。 
c. 进口加工的销售 
                                                   保税区内          保税区外                  加工复出口          原则上应全部加工复出口。          应全部加工复出口。                  加工贸易产品内销          除许可证商品外，企业可根据国内外市场的需求，在保税区原材料的制成品内销时，向海关补交关税和进口增值税，勿需补交缓税利息。          严格控制加工贸易内销行为
⑴内销须报省级外经贸委批准，申报应具备加工贸易税料件内销审批暂行办法所规定的条件，必须在规定的制成品返销截止日期前，向外经贸委提出申请，并提交6份证明文件，由外经贸委批准后签发加工贸易保税进口料件内销批准证，实行单一合同审批。
⑵海关根据外经贸委的批件，征收料件税，并从料件申报进口之日起补征税款利息。                             进口配额许可          内销的产品需要申领许可证或登记管理，企业办证时间不受限制。          对不属于进口配额许可证或登记管理的进口料件内销，课征进口关税、进口环节增值税及税款利息， 方可核销。                  罚则          不处以罚款。          对属于进口配额管理的商品，如不能限期提交许可证或登记证明，则按进口料件案值等值以下、30%以上处以罚款，同时补征海关税款及利息。加工贸易满两年，且达到七项标准和条件的企业才有资格申请A类企业。
d. 银行保证金台帐 
                                                   保税区内          保税区外                  审办流程          不实行保证金台帐，料件全额保税。          企业按规定办理银行保证金台帐，并按企业、商品分类实行"实转"、"空转"管理。设立台帐流程，在外经贸主管部门、银行、海关之间往返12次完成。                  实转金额          不占用资金。          以海关平均关税20%为例，一次加工合同需实转的银行保证金为该合同进口料件金额40%左右，如一次加工贸易合同期限为半年，             则银行保证金占用资金即半年。                  银行利息          无利息支出。          如该保证金向银行贷款，         其定期贷款利息实际占用了加工贸易利润。
e. 外汇与税收 
                                                   保税区内          保税区外                  外汇留存          不实行结售汇制度，企业全额保留出口所得外汇，节省因卖出和买入外汇所必须支付的手续费及规避汇率风险。          实行结售汇制度，根据企业的注册资金限额留存外汇，其余由出口而获得的外汇必须卖给银行。                  外汇核销          不实行外汇核销制度。          实行外汇核销制度，如前一笔合同出口收汇不能及时核销，将会影响下一笔合同的业务开展。                  出口加工增值税          生产的出口产品的增值部分，不征收增值税。          采用国产材料的出口加工企业需先征收17%增值税，等产品离境后，按照不同的退税税率             予以部分或全部返还。                  转厂深加工增值税          区内企业作为深加工（多环节进料加工）的首道企业，产品销售给下道企业，价格不含增值税。          作为多环节进料加工的首道企业，其销税收入应按内销货物规定缴纳增值税，并开具增值税发票。
f. 经营范围 
                                                   保税区内          保税区外                  经营许可          区内加工企业可以加工一业为主，兼营国际贸易、仓储分拨等多种经营。          只能按加工贸易登记手册生产加工规定的产品。                  功能拓展          保税区内的生产加工企业可自由决定生产何种产品、数量、按照市场的要求增减或改变生产加工品种而无须事先审批。加工功能与分拨功能结合加工的产品保税仓储。通过分拨中心向国内外客户销售。          不能开展保税仓储及分拨业务。